小说中的主人公汤姆·索亚是美国圣彼得斯堡小镇上一个淘气的机灵鬼。他父母早逝，随波丽姨妈生活，而姨妈却管不住他。
汤姆想象力丰富、喜爱冒险，他讨厌教堂里枯燥的说教，厌恶学校里毫不趣味的生活。他调皮捣蛋、爱做恶作剧，惹姨妈生气，但他同时也是一个勇敢善良的孩子。
小说只要讲述了他和他的伙伴勇敢的五次冒险经历。
第一次冒险：黑夜目睹坟场惨案
星期一上学的路上汤姆遇见了流浪儿哈克，和他约好半夜时拿一只死猫到坟地里找到一个埋着坏人的死坟，到时候鬼就会来把新死掉的坏人带走，他们就把死猫往鬼身后一扔，同时说几句话就可以把身上的疣子都治好了。（镇上人称“巫婆”的人告诉哈克治疣子的方法）
不过这天夜里鬼没有来，他俩却目睹了一起惊心动魄的杀人凶案：他俩看见杀人不眨眼的印第安·乔、爱酗酒的波特和举着灯笼的年轻医生罗宾逊三个人来盗墓。
等盗墓完后，印第安·乔和罗宾逊因钱财问题和之前的一些往事发生了口斗并互相打了起来，作为印第安·乔的好朋友波特见印第安·乔被捶倒在地上时，立马扔下手中的刀子朝罗宾逊跑来并打了起来，突然医生摆脱了纠缠抓起了坟地上的那块重重的石头砸向了波特，波特晕倒过去了。 印第安·乔就捡起了地上的刀子寻找机会重重地刺向了罗宾逊的胸膛，并把杀人的刀塞在同伙波特的手里，等波特醒来时，让他误以为是他杀死了医生。
汤姆和哈克害怕极了，为了不走漏风声以及不被印第安·乔杀人灭口，他俩还写了血书发誓永不说出去。
但是后来他为了正义，为了内心不受折磨，挺身出庭作证，拯救了无辜的波特。
第二次冒险：三个小海盗扬帆起航
汤姆非常崇拜海盗，在他的眼里海盗不是罪恶贪婪的坏人，而是行侠仗义的好人，他们打劫贪婪的富人的钱来救济穷人。
汤姆和乔受到了家长的责骂一度以为世界没有人关心爱他们了，他们就找哈克带着食物来到了密西西河边，找到一个小木筏，划到下游的杰克逊岛当海盗。
他们在岛上无忧无虑的吃喝玩乐，唱歌跳舞，捕鱼解饿。几天之后，他们想家的念头涌上了心头，但谁也不好意思说出来。
一天晚上汤姆偷偷溜回了家，躲在波丽姨妈的床底偷听到了波丽姨妈和乔·哈波妈妈的谈话，他们都以为自己的孩子淹死了，镇上的人决定在这个星期日为他们举行葬礼。
汤姆又偷偷溜回岛上，把这个消息告诉了他们的伙伴，星期日早上镇上的人在教堂为孩子们举行葬礼，人们正处于悲伤之时，三个消失的孩子突然出现在教堂里 让全镇的人十分惊讶，又哭又笑。
第三次冒险：寻找宝藏
一天汤姆突然萌发寻找宝藏的念头，并约了哈克去挖海盗们留下的财宝。
他们在一棵死树下挖，一无所获。哈克和汤姆决定换一个地方挖，他们来到了鬼屋，恰好印第安·乔和另一个人也在这里，两个孩子吓得瘫软无力，赶紧趴在楼上的地板上，通过缝隙朝下观察那两个人并看见了他们的钱财。
当印第安·乔和陌生人发现了汤姆和哈克的挖宝工具后，警惕起来了，决定去楼上看看是不是有人，汤姆和哈克害怕极了，当印第安·乔和陌生人上第一阶楼梯时楼梯就断了，他们就不上楼看个究竟了，转而商量如何转移财宝。
哈克负责跟踪印第安·乔发现了他的藏身客栈里的第二号房间。一天晚上，汤姆斗胆进了印第安·乔的房间里找宝，差点就踩到了印第安·乔的手臂，吓得汤姆和哈克狂奔而逃，印第安·乔喝醉了没有察觉到。
第四次冒险：汤姆和贝琪被困山洞
贝琪的妈妈要为贝琪举行野餐会，贝琪邀请了镇上的孩子们来参加，大家来到了麦克杜格尔山洞玩耍，洞口里纵横交叉，犹如迷宫。孩子们对神秘的山洞产生了好奇心并决定进去看看。
孩子们在洞中玩耍，陆续从不同方向向汇集地集中。但汤姆和贝琪却迷路了，汤姆身上只有一个小蛋糕，他尽量把食物留给贝琪吃。
爱冒险的汤姆带着北琪东闯西走，也找不到出口，贝琪几乎绝望了，汤姆耐心安慰贝琪不要放弃，继续寻找出口。
在寻找出口的过程中，汤姆遇见了杀人犯印第安·乔，此时的印第安·乔已是惊弓之鸟，听到有动静后撒腿就跑了。
汤姆最后凭借着他的智慧也找到了出口。
第五次冒险：再次寻宝藏
汤姆告诉哈克桥那些财宝还藏在山洞里，他俩商量后决定重新进洞冒险寻找宝藏，终于在刻有十字记号的岩石下发现了宝藏。
结语：
从汤姆的五次历险中，可以看出汤姆是一个心地善良的男孩子。面对杀人犯污蔑好人时，他战上心灵的恐惧出庭作证，为无辜的人洗刷冤屈。
他胆子大爱冒险，小小的身躯下却藏着极大的智慧和勇气。